（2020）鄂2801行初9号恩施市中大房地产开发有限公司与国家税务总局恩施市税务局、国家税务总局恩施土家族苗族自治州税务局税务行政管理(税务)一审行政判决书

恩施市中大房地产开发有限公司与国家税务总局恩施市税务局、国家税务总局恩施土家族苗族自治州税务局税务行政管理(税务)一审行政判决书

案  由 税务行政管理（税务） 案  号 （2020）鄂2801行初9号

发布日期 2020-12-17 浏览次数 144

湖北省恩施市人民法院

行 政 判 决 书

（2020）鄂2801行初9号

原告恩施市中大房地产开发有限公司，住所地：恩施市航空大道60号，统一社会信用代码：91422801790586332R。

法定代表人向绍庚，该公司董事长。

委托代理人赵泽轩，男，生于1964年1月24日，汉族，住恩施市，系恩施市中大房地产开发有限公司会计。

委托代理人鄢靖，湖北施州律师事务所律师。

被告国家税务总局恩施市税务局，住所地：恩施市民族西路7号,统一社会信用代码：11422801MB15083759。

法定代表人谢迅，该局局长。

出庭负责人黄珩，该局副局长。

委托代理人欧阳德钊，该局工作人员。

委托代理人鲁诚，湖北联信律师事务所律师。

被告国家税务总局恩施土家族苗族自治州税务局，住所地：恩施市施州大道48号，统一社会信用代码：11422800MB15250010。

法定代表人黄成元，该局局长。

出庭负责人潘劲松，该局副局长。

委托代理人陈正坤，该局法制科副科长。

委托代理人严奉祥，湖北雄视律师事务所律师。

原告恩施市中大房地产开发有限公司（以下简称中大公司）诉被告国家税务总局恩施市税务局（以下简称市税务局）、被告国家税务总局恩施土家族苗族自治州税务局（以下简称州税务局）土地增值税行政处理及行政复议一案，本院于2020年3月16日立案受理后，在法定期限内向二被告送达了起诉状副本及应诉通知书，并依法组成合议庭，于2020年4月27日公开开庭进行了审理。原告中大公司的委托代理人赵泽轩、鄢靖，被告市税务局的出庭负责人黄珩及其委托代理人欧阳德钊、鲁诚，被告州税务局的出庭负责人潘劲松及其委托代理人陈正坤、严奉祥到庭参加诉讼。本案现已审理终结。

被告市税务局于2019年7月5日作出恩市税土审字[2019]1号《房地产开发项目土地增值税清算审核通知书》（以下简称《清算审核通知书》），决定原告开发的中大御城项目（以下简称案涉项目），应缴纳土地增值税5910205.41元。

被告州税务局于2019年11月12日作出州税行复[2019]3号行政复议决定书，维持市税务局作出的行政行为。

被告市税务局向本院提交作出行政行为适用的法律及规范性文件有：《中华人民共和国税收征收管理法》、《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》、《中华人民共和国土地增值税暂行条例》、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》、《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）、《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）、《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发[2009]91号）、《中华人民共和国发票管理办法》。

被告州税务局向本院提交作出行政行为适用的法律及规范性文件有：《中华人民共和国行政复议法》、《税务行政复议规则》、《中华人民共和国发票管理办法》、《中华人民共和国土地增值税暂行条例》、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》、国家税务总局关于印发《土地增值税清算管理规程》的通知（国税发[2009]91号）、《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）、《湖北省地方税务局关于进一步规范土地增值税征管工作的若干意见》（鄂地税发[2013]44号）、《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）。

原告中大公司诉称，被告市税务局作出的恩市税土审字[2019]1号《清算审核通知书》及州税务局州税行复[2019]3号《行政复议决定书》严重违反法律法规，应予以撤销，理由如下：

一、《清算审核通知书》及《行政复议决定书》计算原告应缴土地增值税5910205.41元，违反了以下三个文件规定：1、《国家税务总局关于房地产企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）；2、《国家税务总局土地增值税清算管理规程》（国税发[2009]91号）；3、《湖北省地方税务局关于房地产开发项目土地增值税清算中拆迁补偿费扣除政策问题的批复》鄂地税函[2018]42号。

根据湖北省地方税务局鄂地税函[2018]42号、恩施州地税函[2018]5号的规定，恩施市地税局恩地税[2018]3号文件对原告2018年1月20日的《关于土地增值税清算几个事项的请求》（恩中房字【2018】1号）答复：“采用实物补偿方式的其拆迁补偿应按国税函[2010]220号规定确定应税收入，并将实际列支的拆迁补偿费首先按‘三分法’分别归集到普通住宅、非普通住宅和其他产品中，计入开发项目扣除金额。如果确实无法合理、准确按照‘三分法’分别归集的，可按建筑面积法和其他方法合理、合规进行分摊”。

上述三个文件明显界定了采取实物补偿方式分别归集的问题。即首先采用“三分法”分别归集到三类不同的产品成本中，如果确实无法归集，才能采用其他方法进行分摊。原告的还建收入及还建成本清晰明确，没有划分不清楚的情形，应采用分别归集的方法。被告市税务局没有按上述文件规定执行，直接采用“建筑面积法”分摊拆迁成本，违背了上述规定，增加了原告的税收成本，主要表现在以下几个方面：

第一、鄂地税函[2018]42号文件，不是新出台的税收政策，而是对国税函[2010]220号、国税发[2006]187号、国税发[2009]91号文件的解释，是让各级税务机关及纳税人在执行政策时更加明确清晰，也是对原告请示的答复。根据国税发[2009]91号《土地增值税清算管理规程》第21条第3款“土地增值税清算中在各扣除项目之间要分别归集不得混淆”。采用实物补偿的，其视同拆迁补偿费应按照《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》规定（国税函[2010]220号），将实际列支的拆迁补偿费分别归集到普通住宅、非普通住宅、其他产品，计入到开发项目的扣除金额。鄂地税函[2018]42号文件明确了拆迁补偿费，“首先按照‘三分法’分别归集到普通住宅、非普通住宅、其他产品。如果确实无法准确归集时，可按建筑面积法或其他方法进行分摊”。该文言辞表达非常明确，通俗易懂，被告在核实原告的拆迁补偿费中，首先就采用了“建筑面积法”进行分摊，未考虑原告发生的拆迁补偿费可以准确归集的客观事实。

第二、上述文件遵循了会计制度及税法的基本原则，即“收入与支出配比”原则、“实际发生、分别归集”的原则，否定了被告提出的狭隘的“受益原则”。视同收入的同时视同成本，体现的是公平合理，不是为了尽量多收税而不尊重事实。视同收入本身就是一个虚拟收入，开发企业并未取得收入，在税收上视作收入的同时视同成本，目的是为了便于财务处理，也即收入是多少成本就是多少，没有增值额。如果采用分摊的方法，收入是一个固定数，而成本将要给普通住宅及非普通住宅按面积分摊，其结果是该还建产品将有大幅度的增值额，而住宅类将会出现本身就是负增值额的更大的负增值额，而负增值额和正增值额又不能相互抵减。被告的计算方法违背了立法者的初衷，背弃了“实际发生、分别归集、公平合理”的基本原则。对一个企业采用何种方法核算成本，应由企业自主选择，有利于企业，不得变相加重企业负担，税法强调合理的分摊方法，并没有硬性规定只能采用建筑面积法。

二、支付给浙江平高电气建始经营部的实际发生成本支出应允许土地增值税税前扣除。

2010年3月18日，原告与浙江平高电气公司建始经营部签订了购销合同，取得的发票是建始县国税局代开的增值税普通发票5727800元（实际为6356700元）并通过银行转账支付。被告在清算过程中认可该项业务实际发生、发票真实、款项已支付。因此，不允许税前扣除没有法律依据。理由为：一、该项业务真实发生，清算人员也认为该业务实际发生。第二、有购销合同、实际的电气支出业务。第三、有银行支付的凭据。第四、建始县国税局代开了真实发票。有以上购进业务的“三流”证据，按法律规定应该税前扣除。综上所述，被告作出的清算审核结论错误，严重侵害了原告的合法权益，请求：1、依法撤销被告市税务局恩市税土审字[2019]1号《清算审核通知书》及州税务局州税行复[2019]3号《行政复议决定书》。2、判令被告市税务局退还原告土地增值税4689001.00元。审理中，原告撤回了第二项诉讼请求。

原告围绕其诉讼请求，向本院提交了以下证据：

证据一：《清算审核通知书》。证明该通知书是行政行为。

证据二：《州税务局行政复议决定书》。证明州税务局为适格被告。

证据三：《关于土地增值税清算几个事项的请示》。证明原告征询对中大御城一期拆迁补偿费的土地增值税合理计算方法，原告已请示被告市税务局，应公平合理计税。

证据四：《州地方税务局转发省地方税务局关于房地产开发项目土地增值税清算中拆迁补偿费扣除政策问题批复的通知》。证明被告州税务局已得到省地税局的批复。

证据五：《市地方税务局关于土地增值税清算问题的答复》。证明被告市税务局已得到省地税局的批复。

证据六：鄂地税[2018]42号《省地方税务局关于房地产开发项目土地增值税清算中拆迁补偿费扣除政策问题的批复》。证明对拆迁补偿费的扣除，应优先适用“三分法”，二被告对拆迁补偿费的扣除优先适用建筑面积法错误。

证据七：国家税务总局湖北省税务局公告2018年第5号《关于公布现行有效和全文失效废止税收规范性文件目录的公告》（2018年6月15日）。证明鄂地税发（2013）44号文件已废止，州税务局适用法律错误。

证据八：湖北银鉴字（2019）1号《注册税务师涉税鉴证报告》。证明案涉项目的拆迁补偿费能准确完整地按“三分法”进行归集，用“三分法”归集能准确完整地计算出土地增值税额；被告市税务局的《清算审核通知书》和州税务局作出的《行政复议决定书》适用建筑面积法计算拆迁补偿费的扣除是错误的。

被告市税务局辩称，2016年11月23日，原告向原恩施市地方税务局提交了“中大御城一期”项目土地增值税清算申请书、土地增值税清算申报表及相关材料，请求进行二次清算。原恩施市地方税务局依据《土地增值税清算管理规程》（国税发[2009]91号）的规定予以受理。受理之后，因资料不全，原告于2017年1月补充提交了拆迁补偿安置协议、建筑安装合同及相关资料100余份。此后，原告在2017年2月至2018年1月期间一直持续向原恩施市地方税务局提交与该项目土地增值税清算审核有实质影响的相关资料。

2018年7月，恩施市国税局、地税局因国家机构改革合并为国家税务总局恩施市税务局，原告再次向市税务局提交《土地增值税清算申报表》及成本费用分摊表1套。被告市税务局组织的清算小组再次根据其提供资料进行审核，并于2019年1月23日召开税企见面会对相关争议事项进行说明和沟通协调。

2019年2月28日，清算小组将《恩施市中大房地产开发有限公司“中大御城一期”项目土地增值税清算审核报告》提交会议审核通过。2019年3月11日市税务局作出《清算审核通知书》（恩施税土清字[2019]1号），并依法送达给原告，原告收到后向州税务局申请行政复议，州税务局于2019年5月7日作出行政复议决定书（州税行复[2019]1号），撤销被告市税务局作出的《清算审核通知书》（恩施税土清字[2019]1号），责令被告市税务局在该决定生效之日起60日内重新对原告的土地增值税进行清算审核并出具相关文书。被告市税务局依据该决定书重新对原告的土地增值税进行清算审核，并于2019年7月5日重新作出了《清算审核通知书》（恩市税土审字[2019]1号），并于当日送达给原告，原告不服该决定再次向州税务局申请行政复议，州税务局于2019年11月12日作出州税行复[2019]3号行政复议决定书，维持被告市税务局2019年7月5日作出的《清算审核通知书》（恩市税土审字[2019]1号）。

二、被告市税务局作出的《清算审核通知书》事实清楚、证据充分，程序合法，适用法律准确，应予维持。

根据州税务局《行政复议决定书》（州税行复[2019]1号）的复议决定，被告市税务局根据原告提交的证据以及相关材料，并结合原告指定核对签字确认的相关数据以及行政复议决定书明确的相关事项，在规定期限内对原告开发建设项目的土地增值税重新进行了清算审核，并依法重新作出了《清算审核通知书》（恩市税土审字[2019]1号）。

被告市税务局作出的“清算审核通知书”依据原告提交的证据确定基本事实为：“中大御城一期”项目由恩施市发展和改革局于2007年批准立项（恩市发改投资[2007]78号）。原告于2008年3月、2009年12月、2012年9月分别取得位于航空路的土地24648.62平方米用于该项目进行房地产开发，规划容积率4.83，于2010年取得恩施土家族苗族自治州城市规划管理局核发的建字第2010-0041号、建字第2010-0042号、建字第2010-0021号、建字第2010-0052号、建字第2010-0027号建设用地规划许可证。该项目分别在2011年6月、2012年4月、2013年6月进行了竣工验收备案，该项目总建筑面积152631.82平方米，可售面积118803.90平方米，已销售产品111854.74平方米，实现收入46543.26万元，取得土地使用权支付6060.78万元，其他成本支出32736.02万元，累计已交税金3573.93万元，应退土地增值税3780066.03元。该次清算审核相关基础数据，原告于2019年6月14日签字确认核对无误，基于其中的印花税不能重复扣除，在下达“清算审核通知书”时将其剔除，得出清算结论为合计应缴土地增值税5910205.41元，因原告已预缴9675044.88元，应退土地增值税3764839.47元。该次清算审核根据《国家税务总局恩施州税务局行政复议决定书》（州税行复[2019]1号）的复议决定，依法修正了第一次清算审核中的错误，且按规定的程序于2019年7月5日重新作出了《清算审核通知书》，并于当天送达给原告。

三、原告不服被告市税务局作出的《清算审核通知书》，所提出的事实和理由均不能成立，理由如下：

（一）原告提出《清算审核通知书》违反《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发[2009]91号）、《湖北省税务局关于房地产开发项目土地增值税清算中拆迁补偿费扣除政策问题的批复》（鄂地税函[2018]42）号）相关文件精神，与客观事实不相符。理由如下：

1、被告市税务局作出的《清算审核通知书》符合法律及规范性文件规定。《土地增值税条例实施细则》第九条规定“纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，其扣除项目金额的确定，可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，或按建筑面积计算分摊，也可按税务机关确认的其他方式计算分摊”。《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第一条规定“开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额”。《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发[2009]91号）第二十一条规定“（五）纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采用合理的分配方法，分摊共同的成本费用。（六）对同一类事项，应当采取相同的会计政策或处理方法。会计核算与税务处理规定不一致的，以税务处理规定为准。”《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）“关于拆迁安置土地增值税计算问题：（一）房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第三条第（一）款规定确认收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费；回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。（二）开发企业采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值按国税发[2006]187号第三条第（一）款的规定计算，计入本项目的拆迁补偿费；异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。（三）货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。”

根据上述法律及规范性文件规定，清算审核中，市税务局依法采用对案涉项目开发产品按普通住宅、非普通住宅和其他开发产品三类进行分类，分别计算确认收入及扣除项目，计算增值额。在扣除项目部分，项目分摊方法上同意原告申请报告中所提出的方法（即建筑面积法、层高系数法。土地征用及拆迁补偿费、公共配套设施费、只为可售面积服务的基础设施费按建筑面积法在三类产品中分摊；针对前期工程费、开发间接费用按建筑面积法在三类产品中进行分摊；针对建筑安装工程费采用层高系数法在三类产品中进行分摊）。但原告在计算“土地征用及拆迁补偿费”部分的分摊金额时，却没有严格执行上述方法。具体而言，原告在“土地增值税清算审报表”中对“拆迁补偿费”项目的金额采用了建筑面积法进行了分摊，但对“拆迁还建收入归集成本”部分却采用一一对应的方式进行分摊处理。“拆迁还建收入归集成本”是土地征用及拆迁补偿费的组成部分，处理方法不应有所区别。因此，市税务局针对这一情况依法进行了调整，将“拆迁还建收入归集成本”部分并入土地征用及拆迁补偿费，统一按“建筑面积法”在三类产品中分摊，符合法律及规范性文件规定。

2、原告对拆迁补偿费中拆迁还建收入归集成本部分采用一一对应扣除的方法于法无据。依据《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发[2009]91号）第二十一条第五款及《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）关于拆迁安置土地增值税计算问题之规定，拆迁还建收入归集成本部分仍属拆迁补偿费，其受益对象为本次清算项目的所有开发产品，拆迁补偿费应在三类产品中进行合理分摊，而不应由某一类或部分产品分摊。因此原告主张的“一一对应”分摊拆迁补偿费中拆迁还建收入归集成本部分的方法不符合法律规定，应依法予以调整。

（二）原告提出支付给浙江平高电气建始经营部的实际发生成本支出应作为计算土地增值税的税前扣除项目，与法不符，理由如下：

《中华人民共和国发票管理办法》第十九条“销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票”；第二十一条“不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。”《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第四条第一款“房地产开发企业办理土地增值税清算时计算与清算项目有关的扣除项目金额，应根据《土地增值税暂行条例》第六条及其实施细则第七条的规定执行。除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。”《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发[2009]91号）第二十一条第一款“在土地增值税清算中，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。”

在本次土地增值税清算中，原告先后提交了2011年6月23日与浙江平高电气有限公司签定金额为35万元的《设备采购及安装合同》2份，2010年3月18日与浙江平高电气有限公司签定金额为172万元的《材料采购合同》及附件，2010年3月18日与浙江平高电气有限公司建始经营部签定金额为172万元的《材料采购合同》，浙江平高电气有限公司建始经营部委托杨乾银收款的委托书，由建始县国税局代开合计金额572.78万元的普通发票69张以及转账支票存根。经审核发现，原告提供的发票无法成为法律法规认定的合法有效凭证，理由在于：一是原告提供的普通发票不是由浙江平高电气有限公司开具，仅仅是在发票上加盖了浙江平高电气有限公司的财务专用章。清算审核查明，浙江平高电气有限公司是增值税一般纳税人，具备自行开具发票的能力。二是发票不属浙江平高电气有限公司建始经营部开具，且浙江平高电气有限公司建始经营部未在建始县税务局办理税务登记注册手续。故该项业务的发票开具行为不符合上述法规要求。原告提供的发票无法构成在该项业务支出的合法有效凭证，依法不能作为本次计算土地增值税税前扣除项目的凭据。

综上，市税务局依法作出的《清算审核通知书》事实清楚，程序合法，适用法律正确，原告提出的事实和理由均不能成立。请求法院依法驳回该诉讼请求，维持答辩人作出的《房地产开发项目土地增值税清算审核通知书》（恩市税土审字[2019]1号）。

四、原告请求“判令被告市税务局应退还原告土地增值税4689001.00元”与法相悖，法院应依法驳回不予审理，理由如下：根据《中华人民共和国税收征收管理法》第八十八条及《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第一百条之规定，纳税人申请退税必须经过税务机关作出相关行政行为，并按法定程序申请行政复议后，对行政复议不服，可以依法向人民法院起诉，而不能未经有权处理的税务机关处理并经必要的行政复议程序直接向人民法院起诉，原告该项诉请违反了法律规定的必经程序，且司法审判不能代替行政行为，法院应不予立案受理，受理后经释明不撤诉的应依法裁定驳回。

被告市税务局在法定期限内向本院提供了以下证据：

证据一：1、被告市税务局统一社会信用代码证书复印件；2、被告市税务局法定代表人身份证明。证明被告市税务局的主体身份信息。

证据二：1、原告营业执照复印件；2、原告税务登记证复印件。证明：1、原告的主体身份信息；2、被告市税务局是原告的主管税务机关。

证据三：1、中大公司“中大御城（一期）”开发项目土地增值税清算资料（共十三册,合计二十三本）；2、补充资料及企业对相关问题的相关请示资料汇总四本；3、恩施市中大房地产开发公司土地增值税清算资料合同三本；4、中大御城一期土地增值税清算资料；5、2009-2016年土地增值税清算资料已缴税金统计表（证据均由原告向被告提供）；6、州地税稽处[2015]13号《税务处理决定书》；7、国家税务总局建始县税务局证明及浙江平高电气有限公司一般纳税人查询结果。证明：1、原告2016年11月23日向被告市税务局申请清算的事实；2、被告市税务局清算审核基础材料由原告提交；3、2019年1月23日被告市税务局召开税企见面会，听取原告陈述对清算事宜的相关意见；4、原告未提供浙江平高电气有限公司开具的合法有效凭证。

证据四：《清算审核通知书》（恩施税土清字[2019]1号）。证明被告市税务局依法对原告的申请进行清算审核并作出清算审核通知书。

证据五：1、原告复议申请书；2、州税务局行政复议决定书（州税复[2019]1号）。证明州税务局经过审理于2019年5月7日撤销了市税务局作出的《清算审核通知书》（恩施税土清字[2019]1号），并责令市税务局在该行政复议决定书生效后60日内重新作出土地增值税清算审核。

证据六：土地增值税清算审核主表（2019年6月14日）。证明被告市税务局在再次作出决定前与原告核对确认清算审核的基础数据。

证据七：恩市税土审字[2019]1号《清算审核通知书》及送达回证。证明被告市税务局于2019年7月5日依法作出行政行为并依法给原告送达。

被告州税务局辩称，州税务局作出的《行政复议决定书》事实清楚，证据确实充分，程序合法，适用法律正确，依法应予以维持，理由如下：

1、行政复议程序合法。

2019年8月30日，中大公司申请撤销市税务局于2019年7月5日作出的恩市税土审字[2019]1号《清算审核通知书》，并对其应缴的土地增值税重新计算后，作出新的审核处理决定。州税务局收到该《行政复议申请书》以后，经审查认为还需补正资料方能受理，于当日给中大公司下发并送达了《补正通知书》，要求中大公司补充提交案涉项目《土地增值税清算申报表》。2019年9月16日中大公司提交补正资料后，被告州税务局于2019年9月17日正式受理。2019年9月19日，被告州税务局给被告市税务局送达了《行政复议答复通知书》，要求市税务局在规定期限内作出答复并提交证据。2019年9月28日，市税务局提交了《行政复议答复书》和相关证据资料。2019年10月8日，州税务局给行政复议委员会各成员单位送达《税务行政复议案件书面审理通知书》，要求各成员单位提出书面审理意见，此后各成员单位均按要求提交了书面审理意见，结论为维持市税务局的《清算审核通知书》。2019年11月12日，被告州税务局作出《行政复议决定书》并经签发后，分别于2019年11月13、11月18日向市税务局和中大公司送达，上述程序符合法律规定。

2、《行政复议决定书》事实清楚，证据充分。

在行政复议过程中，州税务局对证据材料进行了认真审查，查明了案件事实。案涉项目的批准、立项以及销售情况，与市税务局查明的一致。2019年6月14日，审核的相关基础数据由原告中大公司在市税务局签字确认核对无误。基于其中的印花税不能重复扣除，在下达《清算审核通知书》时将其剔除，得出清算结论为合计应缴土地增值税5910205.41元。因中大公司已预缴9675044.88元，应退土地增值税3764839.47元，市税务局给中大公司下发了《清算审核通知书》，中大公司不服，申请复议。其复议请求主要有两方面：一是认为市税务局的《清算审核通知书》确认其应缴土地增值税5910205.41元违反规定；二是认为其提交的浙江平高公司的税务发票应进行税前扣除。被告州税务局经过审理认为：市税务局针对中大公司应缴的土地增值税的清算审核正确；对浙江平高公司提供的发票不予税前扣除的认定正确，理由如下：

（1）关于土地增值税的清算审核问题。

《土地增值税暂行条例实施细则》第九条规定：纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，其扣除项目金额的确定，可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，或按建筑面积计算分摊，也可按税务机关确认的其他方式分摊；《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发[2009]91号）第二十一条第（五）项规定：纳税人分期开发项目或同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采取合理的分配方法，分摊共同的成本费用；《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）第六条规定，房地产企业用建造的本项目房地产安置的回迁户的，安置用房视同销售处理，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿款；《湖北省地方税务局关于进一步规范土地增值税征管工作的若干意见》（鄂地税发[2013]44号）第五条规定：对于成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，原则上应按分期开发项目占地面积占该成片受让土地总占面积的比例计算分摊取得土地使用权所支付的金额和土地征用及拆迁补偿费（以下简称土地成本）。同一项目中建造不同类型房地产开发产品的，按不同类型房地产开发产品的建筑面积占该项目总建筑面积的比例计算分摊土地成本。但对占地相对独立的不同类型房地产，应按该类型房地产占地面积占该项目房地产总占地面积的比例计算分摊土地成本。根据上述规定，对实物拆迁补偿应按“三分法”在普通住宅、非普通住宅和其他开发产品三类产品中进行归集。但是在进行清算处理中，中大公司采取的是一一对应的原则，市税务局在审核时采取的是开发产品受益原则。市税务局认定中大公司的拆迁补偿费的受益对象为本清算项目的全部开发产品，在审核处理中将拆迁还建产品视同收入的同时，将拆迁补偿费列入整体项目的开发成本，按建筑面积法和层高系数法在三类产品中进行了打通计算。被告州税务局认为对拆迁补偿费的归集，税法强调的是“三分法”中的受益性和合理性原则。中大公司在开发中的拆迁行为，不仅仅是为了还建一一对应的同类产品，而是服务于整体项目。故被告州税务局认为中大公司的计算方法错误，市税务局的审核方法正确。

（2）关于浙江平高公司提供的发票税前扣除的问题。

浙江平高公司提供的发票不能税前扣除。《中华人民共和国发票管理办法》第十九条规定：“销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票”；《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第四条第（一）项规定：“房地产开发企业办理土地增值税清算时计算与清算项目有关的扣除项目金额，应根据土地增值税暂行条例第六条及其实施细则第七条的规定执行。除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。”被告州税务局在复议审理过程中依据双方提交的资料，查明浙江平高公司为一般纳税人，中大公司应向税务机关提交浙江平高公司开具的一般纳税人的增值税发票，但是中大公司提交的均是浙江平高公司委托他人代开的非一般纳税人发票；中大公司也认可已提供的发票不符合税前扣除的要求。因此州税务局认为市税务局不同意税前扣除的决定正确。

3、行政复议过程中所适用的法律正确。

被告州税务局在行政复议过程中，严格依照《中华人民共和国行政复议法》、《税务行政复议规则》的规定进行审理，符合法律规定；在对具体事实进行复议审理认定时，适用《土地增值税暂行条例实施细则》、《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》、《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》、《中华人民共和国发票管理办法》等法规、规章的规定，符合法律规定。上述规定能够清楚地证明市税务局在作出清算审核时所采取的方法正确，有法律依据，被告州税务局依此规定作出维持结论符合法律规定。

4、中大公司在本案中要求市税务局退还土地增值税4689001.00元缺乏事实及法律依据，其诉讼请求依法应予以驳回。

（1）、中大公司以市税务局和州税务局为被告，要求法院撤销《清算审核通知书》和《行政复议决定书》，该诉讼请求与中大公司要求退税不属同一法律关系，不能在同一案件中审理。

（2）、州税务局不是退税主体，不能在本案中一并进行审理。

（3）、市税务局作出的[2019]1号《房地产开发项目土地增值税清算审核通知书》对中大公司应缴纳土地增值税的计算正确，市税务局不应退还中大公司4689001.00元的土地增值税。

综上所述，被告州税务局作出的《行政复议决定书》程序合法，事实清楚，证据充分，适用法律正确，应依法予以维持。

被告州税务局在法定期限内向本院提交了以下证据：

证据一：1、恩施州税务局的统一社会信用代码证书；2、法定代表人的身份证复印件。证明州税务局的基本信息情况和负责人的基本信息情况。

证据二：1、2019年8月29日恩施市中大房地产开发有限公司的《行政复议申请书》；2、[2019]1号《清算审核通知书》；3、2018年1月20日《关于土地增值税清算几个事项的请示》；4、2018年4月20日《省地方税务局关于房地产开发项目土地增值税清算中拆迁补偿费扣除政策问题的批复》；5、2018年5月24日市地方税务局的恩地税函[2018]3号《答复》；6、中大公司提交的2016年申请土地增值税清算申报表；7、市税务局于2019年再次对中大公司土地增值税清算的结果(土地增值税清算审核主表、产品销售情况汇总表、应补营业税金附加表、应补契税及印花税表)。证明州税务局受理复议申请的依据。

证据三：1、2019年8月30日州税务局作出的[2019）]4号《行政复议案件申请回执》；2、2019年8月30日州税务局送达给中大公司的恩州税复补字[2019]4号《补正通知书》；3、2019年8月30日州税务局的《行政复议文书送达回证》；4、2019年9月16日州税务局的[2019]4号《行政复议补正资料回执》；5、2019年9月17日州税务局的《行政复议案件处理受理呈报表》；6、2019年9月17日州税务局的州税复受字[2019]3号《受理行政复议申请通知书》；7、2019年9月19日州税务局给中大公司送达受理通知书的《送达回证》；8、2019年9月19日州税务局的州税复答通字[2019]3号《行政复议答复通知书》；9、2019年9月19日州税务局给市税务局送达答复通知书的《送达回证》。证明：1、中大公司于2019年8月30日向州税务局申请复议，州税务局审查后认为其提交的复议资料尚需补正，通知其补正资料；2、2019年9月16日，中大公司提交补正资料，2019年9月17日州税务局决定受理并通知了中大公司；3、2019年9月19日，州税务局给市税务局送达答复通知，要求市税务局针对中大公司的申请作出答复。

上述证据证明州税务局受理行政复议案件的程序合法。

证据四：1、2019年9月28日市税务局提交的《行政复议答复书》；2、中大公司案涉项目土地增值税清算资料（共十三册，合计二十三本）；3、补充资料及企业对相关问题的请示资料汇总四本；4、中大公司土地增值税清算资料合同三本；5、中大御城一期土地增值税清算资料；6、2009-2016年土地增值税清算资料已缴税金统计表；7、州地税处[2015]13号《税务处理决定书》；8、国家税务总局建始县税务局证明及浙江平高公司一般纳税人查询结果；9、2019年11月6日州税务局行政复议委员会会议记录；10、2019年11月8日州税务局行政复议审理报告；11、2019年11月12日，州税务局法定代表人签发的州税行复[2019]3号《行政复议决定书》；12、2019年11月13日，州税务局给市税务局送达《行政复议决定书》和《送达回证》；13、2019年11月18日州税务局给中大公司送达《行政复议决定书》和《送达回证》。证明：1、州税务局受理案件后，审理程序合法；2、州税务局作出行政复议决定后，送达程序合法；3、州税务局在复议审理过程中，充分审查了双方提交的资料，依据资料结合法律规定作出维持的决定，该复议决定正确。

经庭审质证，被告市税务局对原告提交的证据一至证据七的真实性均无异议，对证据三的证明目的有异议，认为其是按照公平合理的计税方法进行的；对证据四至证据六的证明目的有异议，认为不是被告市税局作出行政行为适用的法律依据，该三份证据都属于税务系统内部的业务指导性文件，不属于对行政相对人具有普遍约束力的规范性文件，不能作为执法依据，该组文件的内容与税务总局的相关规定一致，证据六的证明目的与内容不相一致，属于原告理解错误；对证据七的证明目的有异议；对证据八的真实性、关联性、合法性均有异议，认为该证据系原告单方委托，在清算过程中原告并未提交，依法不能作为被告清算审核的依据，该证据的内容与国家现行的法律规定相悖，且证明目的与原告申请审核提交的请求不一致，不能作为本案的定案依据。

被告州税务局对原告提交的证据与被告市税务局的质证意见一致。并补充以下质证意见：对证据七的真实性无异议，对证明目的有异议。认为原告称被告适用法律错误，州税务局在下发行政复议决定书时，适用的法律并没有引用该文件，而是在对市税务局给原告进行清算审核、具体分析中引用了该文件，该文件虽然被废止了，但是法律规定实体从旧，且该文件与国税发[2009]第91号文件、国税函[2010]第220号文件的规定是一致的，被告州税务局当时引用44号文件，是为了更清楚说明市税务局的清算审核方法正确，在原告提交清算审核时，该文件还未废止，且废止的原因是由于国家机构改革，国税局与地税局合并，该文件的实质内容仍然在执行。

原告对被告市税务局提交的证据中所有基础数据的真实性均无异议，但对证据六中审核主表的计税方法有异议。

原告对被告州税务局提交的证据的真实性无异议，但对证明目的有异议。

二被告对对方提交的证据均无异议。

本院认证，原告提交的证据一至证据七、二被告提交的证据的真实性双方均无异议，本院予以采信，对原告提交的证据八，二被告对其真实性、合法性、关联性均不认可。对该份证据，本院将结合各方庭审陈述及其他证据，依照证据规则对其证明效力与目的进行综合分析认定。

经审理查明，原告中大公司成立于2006年，主要从事房地产开发、销售业务。该公司建设的“中大御城一期”项目于2007年批准立项，并于2008年3月、2009年12月、2012年9月分别取得位于航空路的土地24648.62平方米用于该项目进行房地产开发，分别在2011年6月、2012年4月、2013年6月进行了竣工验收备案。该项目总建筑面积152631.82平方米，可售面积118803.90平方米，已销售产品111854.74平方米，实现收入46543.26万元，取得土地使用权支付6060.78万元，其他成本支出32736.02万元。2014年9月15日，中大公司向原恩施市地方税务局提出申请，要求对案涉开发项目土地增值税进行清算，并提供了其委托恩施正昌税务师事务所清算报告。原告提交资料后，又于2016年11月23日向原恩施市地方税务局提出申请，认为根据前述申请，已销售占未售比例为89%，根据《土地增值税暂行条例》达到了主管税务机关认定的清算条件，但还没有达到企业自行清算的条件，原报告只清算到了2014年6月30日，在此之后楼盘全部售罄，又发生的销售和支出，至2015年底已全部销售完毕，故2015年底才达到企业要求的清算条件。且原报告有部分明显的错误和收入成本支出不完整，不能准确完整清算。因此，原告再次申请对“中大御城（一期）”项目的土地增值税进行二次清算，并提交了《中大御城一期土地增值税清算报告》。根据原告的报告，原恩施市地方税务局计算出应缴土地增值税897214.4元，企业已经预缴9351044.87元，应退税8453830.47元。

在对土地增值税作出清算审核通知前，原告中大公司就土地增值税清算于2018年1月20日向原恩施市地方税务局递交了《关于土地增值税清算几个事项的请示》，主要内容为：1、拆迁还建面积7970.04㎡，拆迁视同销售问题。2、视同销售开发产品拆迁成本归集分摊的问题。认为应按不同类型开发产品实际发生的拆迁费直接归集到普通住宅、非普通住宅、其他产品相应的成本中，无需按建筑面积法先汇总后分摊，否则违背了会计制度中公平合理这一基本原则。就此，原恩施市地方税务局请示原州地方税务局，州地方税务局又向原湖北省地方税务局作出请示，2018年4月20日，原湖北省地方税务局作出鄂地税函[2018]42号《关于房地产开发项目土地增值税清算拆迁补偿费扣除政策问题的批复》，内容为：根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）规定，我省在开发项目土地增值税清算时按照普通住宅、非普通住宅和其他开发产品三类分别计算增值额（以下简称“三分法”），即应当按照“三分法”分别计算应税收入和扣除项目金额。并且，根据国家税务总局《土地增值税清算管理工作规程》（国税发[2019]91号）规定，在土地增值税清算中，扣除项目金额归集时应当遵循实际发生，分别归集的原则。采取实物补偿方式的，其拆迁补偿费应当按照《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）规定确定应税收入，并将实际列支的拆迁补偿费首先按照“三分法”分别归集到普通住宅、非普通住宅和其他开发产品的开发成本中，计入开发项目土地增值税扣除项目金额。如果确实无法合理、准确按照“三分法”分别归集时，可按照建筑面积法或者其他合理、合规方法进行分摊。

2018年7月，原恩施市地方税务局、原恩施市国家税务局因国家机构改革合并为国家税务总局恩施市税务局。市税务局按照上述批复意见向原告作出了恩地税函[2018]３号《关于土地增值税清算问题的答复》。2019年1月5日，原告自行委托湖北恩施州银达合伙税务师事务所进行鉴定，鉴定事项为：原告在恩施市开发“中大御城”项目中，所发生的拆迁补偿费中，采用实物补偿方式的其拆迁补偿费在会计核算上能否准确归集到三类不同产品即“普通住宅、非普通住宅、其他产品”。2019年1月20日，就该鉴定事项，湖北恩施州银达合伙税务师事务所作出湖北银鉴字（2019）1号注册税务师涉税鉴证报告，其结论为：该项目的实物补偿其拆迁补偿费在实际还建的过程中，没有住宅还建门面，也没有门面还建住宅等相互交叉情况，资料清楚对应清晰，在会计核算上其“实物补偿方式的拆迁补偿费”能够准确完整的归集到三类不同的产品即“普通住宅、非普通住宅、其他产品”。该鉴证报告未向二被告提交。

2019年3月11日，恩施市税务局作出恩税土清字[2019]1号《房地产开发项目土地增值税清算审核通知书》，内容为：经审核，你单位的中大御城第一期项目，取得转让收入总额为47329608.76元，其中取得普通标准住宅收入322966526.24元，扣除项目金额368894693.17元，增值额为-45928166.92元，增值率为0，应缴纳土地增值税0元，非普通标准住宅收入40955674.53元，扣除项目金额47246711.84元，增值额为-621037.31元，增值率为0，应缴纳土地增值税0元；非住宅类开发产品收入109376407.99元，增值额为27559122.88元，增值率为34%，应缴纳土地增值税8267736.86元。已缴9351044.87元，应退1083308.01元。对此，原告不服，向州税务局申请复议，2019年5月7日，被告州税务局作出州税行复[2019]1号行政复议决定书，撤销了[2019]1号《房地产开发项目土地增值税清算审核通知书》，并责令被告市税务局60日内重新对原告的土地增值税进行清算审核并出具相关文书。

2019年6月14日，原告与被告市税务局就原告提交资料的基础数据（如转让收入、成本支出等）进行核对签字确认，其中，原告已预缴土地增值税9675044.88元。

2019年7月5日，原告重新作出恩税土审字[2019]1号《清算审核通知书》，内容为：经审核，中大御城第一期项目取得转让收入总额为465432585.32元，其中普通标准住宅部分转让收入322966526.25元，应缴纳土地增值税0元，其他开发产品部分转让收入101510384.74元，应缴纳土地增值税5910205.41元。已预缴土地增值税9675044.88元，应退3764839.47元。并于同日将恩税土审字[2019]1号《清算审核通知书》送达给原告。

原告不服，于2019年8月30日向州税务局申请复议，请求依法撤销前述《清算审核通知书》，同时请求复议机关对原告应缴土地增值税重新计算，作出新的处理决定。理由为：一、《清算审核通知书》及2019年5月7日作出的《行政复议决定书》计算的原告“中大御城”项目，应缴土地增值税5910205.41元违反了文件规定。原告采取实物补偿方式的拆迁补偿费按“三分法”分别归集，视为收入的同时视同成本，没有增值额，原告的还建收入及还建成本清晰明确，应该采用分别归集的方法，而不应该在三种产品类型中按建筑面积法分摊，且企业采用何种方法核算成本应由企业自主选择，税法强调的是合理的方法，并不限于建筑面积法。二、支付给浙江平高公司建始经营部的实际发生成本5727800元应允许土地增值税的税前扣除。

被告州税务局收到原告的复议申请后，认为原告的申请存在材料欠缺等问题，向原告发出《行政复议申请材料补正通知书》，要求原告中大公司在5日内进行补正。收到补正材料后，州税务局于2019年9月17日受理，并于2019年9月19日向被告市税务局送达了《行政复议答复通知书》，同年9月28日，被告市税务局就原告申请的行政复议事项进行了答复，2019年11月6日，被告州税务局召开行政复议案件审理会议，对该复议案件进行讨论，2019年11月12日，原告作出州税行复[2019]3号《行政复议决定书》，维持了市税务局2019年7月5日作出的《清算审核通知书》。

州税务局作出的复议决定的主要内容为：1、根据《土地增值税暂行条例实施细则》（财法字[1995]6号）第九条：“纳税人成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，其扣除项目金额的确定，可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，或按建筑面积计算分摊，也可按税务机关确认的其他方式分摊。”《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发[2009]91号）第二十一条第（五）项：纳税人分期开发项目或同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采取合理的分配方法，分摊共同的成本费用”。《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）第六条：“房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。”《湖北省地方税务局关于进一步规范土地增值税征管工作的若干意见》（鄂地税发[2013]44号）第五条：“对于成片受让土地使用权后，分期分批开发、转让房地产的，原则上应按分期开发项目（以《建设工程规划许可证》为单位）占地面积占该成片受让土地总占地面积的比例计算分摊取得土地使用权所支付的金额和土地征用及拆迁补偿费（以下简称土地成本）。同一项目中建造不同类型房地产开发产品的，按不同类型房地产开发产品的建筑面积占该项目总建筑面积的比例计算分摊土地成本”的规定，对实物拆迁补偿应按“三分法”在普通住宅、非普通住宅和其他开发产品三类产品中进行归集。原告在清算处理中采取的是一一对应的原则；市税务局在清算审核中强调的是开发产品受益原则，认定原告拆迁补偿费的受益对象为本清算项目全部开发产品，在审核处理中将拆迁还建产品视同收入的同时，将拆迁补偿费列入为整体项目的开发成本，按建筑面积法和层高系数法在三类产品中进行了打通计算，州税务局认为对拆迁补偿费的归集，税法强调的是“三分法”中的受益性和合理性原则。申请人在开发中的拆迁行为，不仅仅是为了还建一一对应的同类产品，而是服务于整个项目，以拆迁还建相同产品取得开发需要的土地使用权等现实需要，“三分法”不是一一对应法，故州税务局同意市税务局关于拆迁补偿费的归集、分配方法。2、根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条“销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票”的规定，不管原告与浙江平高电器有限公司还是浙江平高电气建始经营部签订购销合同，均应由对方开具增值税发票。而原告的该项购销业务支出的扣除凭证是由个人在建始县国税局代开的普通发票，仅加盖浙江平高公司的财务专用章，开票方与购销业务主体不一致，不属于该项支出的合法有效凭证。根据《国家税务局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）第四条第（一）项“房地产开发企业办理土地增值税清算时计算与清算项目有关的扣除项目金额，应根据土地增值税暂行条例第六条及其实施细则第七条的规定执行。除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除”的规定，申请人不能提供合法有效凭证的支付，在土地增值税清算时不予扣除。被告州税务局根据《中华人民共和国行政复议法》第二十八条第一款第（一）项、《税务行政复议规则》第七十五条第一款第（一）项的规定，决定维持市税务局作出的《清算审核通知书》。原告不服，诉至本院，请求判准上述诉请。

本院认为，本案的焦点有两个方面：1、被告市税务局作出的《清算审核通知书》中对拆迁补偿费的归集、分配方法是否兼具合法性与合理性，是否与湖北省地税局的批复相一致。2、对不符合发票管理办法开具的发票能否进行税前扣除。

关于第一个问题，原湖北省地税局批复认为“采取实物补偿方式的，其拆迁补偿费应当按照《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）规定确定应税收入，并将实际列支的拆迁补偿费首先按照‘三分法’分别归集到普通住宅、非普通住宅和其他开发产品的开发成本中，计入开发项目土地增值税扣除项目金额。如果确实无法合理、准确按照‘三分法’分别归集时，可按照建筑面积法或者其他合理、合规方法进行分摊。”

首先，“三分法”是计算增值额的原则，不是一种计算方法，它是指在归集实际列支的拆迁补偿费时，成本的归集首先将专属成本直接归集到普通住宅、非普通住宅和其他开发产品中，其他非专属成本则按照建筑面积法或者其他合理、合规方法在普通住宅、非普通住宅和其他开发产品进行分摊。即不管是专属成本还是非专属成本，在计算扣除成本时，都是按照“三分”原则处理。它包括收入“三分”和扣除金额“三分”两个部分。而“专属成本法”与“建筑面积法”是实现“三分”原则的具体方法。即专属成本法与建筑面积法是并列关系，两者都从属于“三分”原则，在选择具体方法的过程中，则应遵循受益性原则。按照受益性原则，在成本归集时，优先选择专属成本法，只有在专属成本法不具备适用条件时，才选择建筑面积法或者税务机关确定的其他方式。

因此，原、被告的争议实际上不是成本归集方法的争议，而是实物补偿的这部分房屋是否专属于某一种房屋业态的专属成本，即按照专属法归集成本在本案中是否有适用条件。专属拆迁补偿费强调明确指向性和受益的唯一性，指向性是指拆迁补偿费是针对被拆迁房屋下面的土地而言，指向的是土地，而不是新建房屋；唯一性是指某一业态（区分普通住宅、非普通住宅和其他开发产品）的专属成本仅使该业态受益，而与其他业态无关的成本。

本案中，根据原告提供的《拆迁补偿协议》约定，以住宅补偿住宅，以商铺补偿商铺，这是补偿的一种方式，但并不能说明因为拆除住宅而发生的成本，专属于新建住宅，而与新建的商铺无关，也不能说明拆除商铺发生的成本，专属于新建商铺，而与新建的住宅无关。故应以事实为依据，以受益性为原则来判断实物补偿发生的拆迁成本是否是专属成本。

拆迁补偿费属于土地成本，因此，实物拆迁补偿费计入土地成本在拆迁时点，不论拆迁协议如何约定，拆迁的目的是为了整片土地的进一步开发，受益的是整块土地。本案中，没有证据证明因为拆除住宅而获得的用于进一步开发的地块只用来开发住宅，也没有证据证明因为拆除商铺而获得的用于进一步开发的土地只用来开发商铺，因此，没有证据证明实物补偿方式的拆迁补偿费属于专属成本。故应将实物拆迁补偿的拆迁补偿费视为非专属成本按照建筑面积法进行分摊。

基于前述理由，在案涉项目没有适用专属法归集成本的条件时，被告市税务局将该项目拆迁补偿费计入整个开发项目成本，采取建筑面积分摊法，按“三分法”分别计算土地增值税，兼顾合法性与合理性原则，符合法律规定，也与省地税局的批复一致。

此外，《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》第二十一条第一款第（六）项规定：“对同一类事项，应当采取相同的会计政策或处理方法。会计核算与税务处理规定不一致的，以税务处理规定为准。”会计核算主要是对资金运行进行反映，目的是为企业相关利益所得者及时使用会计信息。税法原则强调的是公平合理的税收环境，当会计核算与税务处理的规定不一致时，需要进行纳税调整，以保证国家税收收入。因此，税务机关进行土地增值税清算时，在有依据的前提下，应以税务机关的清算审核计算方法为准。原告认为对一个企业采用何种方法核算成本，应由企业自主选择，与该规定不符。

关于第二个问题，对不符合发票管理办法开具的发票能否进行税前扣除。

《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》第四条第（一）项规定：“房地产开发企业办理土地增值税清算时计算与清算项目有关的扣除项目金额，应根据土地增值税暂行条例第六条及其实施细则第七条的规定执行。除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除”。实际支出的发票进行土地增值税清算扣除时，除了遵循实际支付原则以外，还应遵循提供合法有效凭证的原则。增值税专用发票与增值税普通发票的区别在于，如需抵扣增值税必须开具增值税专用发票。原告提交的是普通发票、且开票方与购销业务主体不一致，不符合《中华人民共和国发票管理办法》第十九条“销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票”；第二十一条“不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。”的规定，虽然在本次清算中因发票不符合规定不予扣除，但并不影响原告另行提交符合规定的发票后进行扣除，故对原告的该项诉请，本院不予支持。

被告市税务局作出的《清算通知书》认定事实清楚，程序合法，适用法律正确，被告州税务局在《行政复议决定书》审理认为部分中引用已废止的《湖北省地方税务局关于进一步规范土地增值税征管工作的若干意见》（鄂地税发[2013]44号）不当，但考虑其结果正确，本院对此予以纠正。

综上，依据《中华人民共和国行政诉讼法》第六十九条之规定，判决如下：

驳回原告恩施市中大房地产开发有限公司的诉讼请求。

案件受理费50元，由原告恩施市中大房地产开发有限公司负担。

如不服本判决，可在判决书送达之日起十五日内向本院递交上诉状，并按对方当事人的人数提出副本，上诉于恩施土家族苗族自治州中级人民法院。上诉人应在提交上诉状时预交上诉案件受理费50元，款汇至收款人：湖北省恩施土家族苗族自治州中级人民法院，开户银行：中国农业银行恩施开发区支行，账号：17×××04（特别提示：用途栏务必注明系某某上诉案诉讼费，并将汇款凭证及联系电话提交本院或邮寄至恩施州中级人民法院立案一庭）。上诉人在上诉期届满后7日内仍未预交上诉费用的，按自动撤回上诉处理。

审 判 长  张 玲

人民陪审员  张友新

人民陪审员  王清国

二〇二〇年八月三十一日

书 记 员  刘九江